| 序號 | 專業名稱 | 學制 |
| 1 | 中醫學 | 5 |
| 2 | 針灸推拿學 | 5 |
| 3 | 中西醫臨床醫學 | 5 |
| 4 | 臨床醫學 | 5 |
| 5 | 中藥學 | 4 |
| 6 | 藥學 | 4 |
| 7 | 藥物制劑 | 4 |
| 8 | 康復治療學 | 4 |
| 9 | 公共事業管理 | 4 |
| 10 | 信息管理與信息系統 | 4 |
| 11 | 護理學 | 4 |
| 12 | 醫學影像技術(閩臺合作項目) | 4 |
| 13 | 食品科學與工程(閩臺合作項目) | 4 |
| 14 | 康復治療學(閩臺合作項目) | 4 |
福建中醫藥大學重點專業名單
1.國家級專業:中醫學、針灸推拿學、護理學、中西醫臨床醫學2.國家中醫藥管理局重點學科:傷寒學、中醫文獻學、方劑學、中醫診斷學、中醫脾胃病學、中醫骨傷科學、中醫康復學、中醫護理學、針灸學、中藥化學、中西醫結合臨床、內經學、中醫急診學、中醫養生學、推拿學、中藥分析學、臨床中藥學、中西醫結合基礎、中醫心理學、中醫預防醫學
3.福建省重點學科:中西醫結合、護理學、康復醫學、臨床醫學、藥學、中藥學、中醫學
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